別願寺は、鎌倉公方代々の菩提寺であり、鎌倉での時宗の中心として栄えた。
　もとは真言宗の寺で能成寺といったが、１２８２年（弘安５年）、住職だった公忍が一遍に帰依し、名を覚阿と改め時宗に改宗した。同時に寺の名を別願寺とした。
　境内には、室町幕府に対して「永享の乱」を起こした足利持氏（四代鎌倉公方）のものとされる供養塔（宝塔）がある。この供養塔には、持氏の怒りを鎮めるため、四方に鳥居の浮彫りが施されている。
　大正期には作家広津和郎が下宿していた。