幕府を滅ぼした後醍醐天皇は、京で「建武の新政」を開始した。
　鎌倉には、足利尊氏の弟の直義が詰めていたが、北条高時の子である時行が反乱を起こしたため（中先代の乱）、幽閉していた後醍醐天皇の皇子護良親王を殺害し鎌倉を離れた（参考：鎌倉宮　護良親王の墓）。
　その後、尊氏が時行を追い出し鎌倉に入ったが、後醍醐天皇は尊氏追討の院宣を新田義貞に下し、これを鎌倉に向けた。尊氏が義貞を退け京に入ると、後醍醐天皇は吉野に逃れた（南朝）。これにより京では新たな天皇が就任し「南北朝の時代」となる。尊氏は、北朝より「征夷大将軍」に任ぜられ、室町に幕府を開いた。南朝と北朝は、室町幕府三代将軍足利義満の時代に統一される。
　将軍となった足利尊氏は、鎌倉に子の基氏を派遣し「鎌倉公方」として、関東と甲斐、伊豆を統治させた。鎌倉公方の補佐役である「関東管領職」には上杉憲顕が任ぜられ、以後管領職は上杉氏が世襲する。
　鎌倉では、時代を経るにつれ足利氏の力が衰え、代わって上杉氏の力が強まり、京都でも「応仁の乱」が起こることによって「戦国時代」へ突入していく。
　下克上の世で勢力を伸ばした小田原の北条氏（鎌倉時代に執権を務めた北条氏とは別）が関東を治めるようになると、鎌倉の地は政治から離れ衰退の道を歩んでいく。