巽神社は、延暦２０年（８０１年）、蝦夷征伐に向かう途中の坂上田村麻呂（征夷大将軍）が葛原ヶ岡に勧請したのが始まりとされる。
　永承４年（１０４９年）には、源頼義が改修したという。
　のちに現在の地に遷座され、壽福寺の鎮守として崇敬された。壽福寺の巽の方角にあることからこの名がついた。