薬王寺は、開山は日像、中興は日達と伝えられている。
　日像は、日蓮に師事し、日蓮の遺命によって上京し、延暦寺などの迫害を受けながらも妙顕寺を建てた。
　薬王寺は、もとは真言宗の梅嶺山夜光寺といったが、１２９３年（永仁元年）、日像と住職の宗教論議の末、日蓮宗に改宗されたという。
　江戸時代には、徳川家との縁が深く、寺紋にも「三葉葵」が使われたため、庶民の埋葬は許可されない格式の高い寺であった。
　江戸幕府三代将軍徳川家光の弟で駿河大納言忠長の供養塔がある。
　本堂に安置されている日蓮像は、１８３４年（天保５年）、将軍家斉の命によって造られた裸像で、本物の法衣袈裟をまとっている。６月と１０月に更衣式が行われる。